2026/4/6 2:20:29
网站建设
项目流程
简约的网站建设,安康码管理平台,wordpress手机版主题模板下载,专业营销型网站前言 2025年12月3日#xff0c;备受瞩目的蛋白质设计领域里程碑——RFdiffusion3正式开源#xff01;这一突破性模型的发布#xff0c;标志着全原子精度的蛋白质设计进入全新阶段。相较于前代版本#xff0c;RFdiffusion3带来了哪些革命性升级#xff1f;如何快速上手这一…前言2025年12月3日备受瞩目的蛋白质设计领域里程碑——RFdiffusion3正式开源这一突破性模型的发布标志着全原子精度的蛋白质设计进入全新阶段。相较于前代版本RFdiffusion3带来了哪些革命性升级如何快速上手这一强大工具今天和大家分享一下我探索的过程。1 RFdiffusion3全原子蛋白质设计的革命性突破RFdiffusion3不仅完美继承了前代RFdiffusion在蛋白质binder设计、对称寡聚体构建和酶设计方面的卓越能力更实现了全原子蛋白质设计的重大突破。RFdiffusion3包含了之前的RFdiffusion的蛋白质binder设计、Symmetry Oligomers设计和酶设计功能新增了DNA结合蛋白的设计和小分子结合蛋白的设计。正是这些全原子级别的设计能力使RFdiffusion3真正成为全原子蛋白质设计模型为生物医药研发开辟了全新路径。2 Foundry框架下的安装指南与前代不同RFdiffusion3貌似不再作为独立工具发布而是深度整合至Foundry——一个集蛋白质设计、逆折叠和结构预测于一体的全流程AI框架中。step1: RFdiffusion3安装# 1. 创建虚拟环境在用户目录下 python3 -m venv ~/venv/rc-foundry # 2. 激活虚拟环境 source ~/venv/rc-foundry/bin/activate # 3. 在虚拟环境中安装此时 pip 指向虚拟环境 pip install rc-foundry[all] # 4. 使用后退出虚拟环境 # deactivate # 永久添加到 bashrc可选 echo alias rc-foundrysource ~/venv/rc-foundry/bin/activate rc-foundry ~/.bashrc source ~/.bashrcstep2: foundry模型下载注如果使用代码安装模型如果中断需要删除没下载完的模型重新下载不然使用时会报错。1只安装必要的模型foundry install rfd3 ligandmpnn rf3 --checkpoint-dir ~/.foundry/checkpoints2安装全部模型可选foundry install all --checkpoint-dir ~/.foundry/checkpoints3百度网盘下载模型作者将下载的模型上传到了百度网盘有百度网盘会员的话下载更快。链接: https://pan.baidu.com/s/1uaV-HNJQAWXCr3i5-Uf-sg?pwd2sar 提取码: 2sar查看目前可用的模型foundry list-available查看目前安装的模型foundry list-installedstep3: 检验是否安装成功foundry --help3.示例尝试继续在环境中安装jupythernotebookpip install jupyterlab pip install notebook从Github库克隆仓库目前好像有两个官方的github仓库https://github.com/RosettaCommons/foundryhttps://github.com/nnahrjou/foundry_RFdiffusion3/tree/production下载github中的示例文件在examples文件夹下经测试发现当前版本的 Foundry 暂不支持使用 50 系显卡进行加速。这可能是由于目前 PyTorch 尚未支持 SM_120 架构导致的。目前只能先安装 CPU 版本使用后续还需等待笔者进一步研究兼容方案。4.零门槛体验在线平台推荐没有合适设备别担心以下平台让您即刻体验RFdiffusion3的强大功能1 官方Colab教程需科学上网https://colab.research.google.com/drive/1ZwIMV3n9h0ZOnIXX0GyKUuoiahgifBxh?uspsharing2 Tamarind.biohttps://www.tamarind.bio/tools/rfdiffusion33 ProteinIQhttps://proteiniq.io/app/rfdiffusion-3注免费平台通常存在设计数量限制、处理速度较慢等问题。如需深度参与蛋白质设计研究建议配置专用计算设备。配置参考操作系统Ubuntu 24.04.3 LTS硬件信息i5-14600kf, rtx5060ti 16G蛋白设计交流QQ群438723520QQ群今后仅分享文献资料模型文件请通过百度网盘获取作者bioinforiver2025年12月16日本内容仅供学习交流未经许可不许转载。 本人系原作者原文见mp.weixin.qq.com/s/woJjm-sn4SitO302-TdwRQ